Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2 / Standardization and validation of an in house RT-LAMP molecular test for the diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/µL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 µL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83-0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.

ABSTRACT Objectives: To standardize and validate an in-house RT-LAMP test for the detection of SARS-CoV-2, based on laboratory and field assays using samples from COVID-19 suspected patients. Materials and methods: An in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP molecular test was standardized, establishing the detection limit with Vero cells of isolated Peruvian strains of SARS-CoV-2, and the robustness to various concentrations of primers. The laboratory validation was performed with 384 nasal and pharyngeal swab samples (UFH) obtained between March and July 2020. The field validation was performed with 383 UFH obtained from COVID-19 suspected symptomatic cases. All samples were tested by RT-LAMP and RT-qPCR. The RT-qPCR was considered as the reference standard test. The concordance measures and diagnostic performance were calculated. Results: The detection limit was consistent in cases with Ct <30 in both tests, showing efficiency to detect up to 1000 copies/μL of the target gene. Robustness was evidenced with half of the primer concentrations and 20 μL of final volume. Absence of amplification was identified for other HCoVs. Concordance showed a kappa index of 0.88 (95% CI: 0.83-0.93) and 0.89 (95% CI: 0.84 - 0.94) in laboratory and field settings, respectively. The sensitivity value in the laboratory was 87.4% (95% CI: 80.8 - 92.4) and 88.1% in the field (95% CI: 81.6 - 92.9). The specificity value in both settings was 98.8% (95% CI: 96.4-99.7). Conclusions: The in-house SARS-CoV-2 RT-LAMP test was successfully validated based on its adequate robustness, no cross-reactions, good concordance, and diagnostic performance compared to RT-qPCR.

Frecuencia de Staphylococcus aureus meticilinorresistente adquirido en la comunidad en un hospital de tercer nivel en Perú

Con el objetivo de determinar la frecuencia de aislamientos de Staphylococcus aureus meticilinorresistente adquirido en la comunidad (MRSA-AC) y describir el patrón de resistencia antimicrobiana y de genotipo, se realizó un estudio transversal en el 2017 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. De los 115 aislamientos de S. aureus analizados, se determinó una frecuencia de MRSA del 46,1%, la mayoría provenientes de secreciones de diferentes tipos (26,4%) y sangre (18,9%). Se encontró alta corresistencia (>75%) a clindamicina, eritromicina, gentamicina y ciprofloxacina entre los aislamientos de MRSA. Según la tipificación de SCCmec, la mayoría correspondían a cepas de MRSA adquirido en un hospital (MRSA-AH) y, solo un pequeño grupo (2,6%) correspondían a MRSA-AC. A pesar de la baja frecuencia descrita con relación a países vecinos (27%), es necesario mantener una adecuada vigilancia epidemiológica local para evitar la propagación local de MRSA-AC.

In order to determine the frequency of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA) isolates and to describe the antimicrobial resistance pattern and genotype, a cross-sectional study was conducted in 2017 at the Hospital Nacional Cayetano Heredia in Lima, Peru. We found a MRSA prevalence of 46.1% in the 115 analyzed S. aureus isolates; most were reported from different secretions (26.4%) and blood (18.9%). We found high co-resistance (>75%) to clindamycin, erythromycin, gentamicin and ciprofloxacin. Regarding SSCmec typification, most of the isolates were identified as hospital-acquired MRSA (HA-MRSA) and a minority of them as CA-MRSA (2.6%). Despite its low prevalence when compared to other Latin American countries (27%), epidemiological surveillance is recommended to control local CA-MRSA dissemination.

Salmonelosis invasiva en un hospital de Lima, Perú / Invasive salmonellosis in a hospital in Lima, Peru

RESUMEN El objetivo del estudio fue determinar las características epidemiológicas, clínicas y laboratoriales de los casos de salmonelosis invasiva y el perfil de susceptibilidad antibiótica de aislamientos de salmonela (2013-2017), en una serie de casos de pacientes con Salmonella spp. aislada de secreciones y/o líquidos corporales con o sin coprocultivo positivo (n=70). Para la evaluación de la susceptibilidad antibiótica se consideró el primer aislamiento en todos los casos de salmonelosis (n=168). La mayor frecuencia de casos ocurrió entre 0 a 4 años (14,3%) y mayores de 65 años (24,3%). Los síntomas más frecuentes fueron fiebre (66,1%), diarrea (40,7%) y trastorno del sensorio (40,7%). La infección por el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) fue la comorbilidad más frecuente (42,4%). La frecuencia de susceptibilidad fue de 83,3% a ceftriaxona, 78,8% a cotrimoxazol y 75,0% a cloranfenicol. Sólo 50,8% fueron susceptibles a ciprofloxacino. Concluimos que, la salmonelosis invasiva fue más frecuente en niños pequeños y ancianos, y que la comorbilidad más frecuente fue la infección por VIH.

ABSTRACT The study's objective was to determine the epidemiological, clinical, and laboratory characteristics of cases of invasive salmonellosis and the antibiotic susceptibility profile of salmonella isolates (2013-2017), in a series of cases of patients with Salmonella spp. isolated from secretions and/or body fluids with or without positive stool culture (n=70). For the evaluation of antibiotic susceptibility, the first isolate was considered in all cases of salmonellosis (n=168). The highest frequency of cases occurred between 0 to 4 years (14.3%) and over 65 years (24.3%). The most frequent symptoms were fever (66.1%), diarrhea (40.7%), and sensory issues (40.7%). Human immunodeficiency virus (HIV) infection was the most common co-morbidity (42.4%). The frequency of susceptibility was 83.3% to ceftriaxone, 78.8% to cotrimoxazole, and 75.0% to chloramphenicol. Only 50.8% were susceptible to ciprofloxacin. We concluded that invasive salmonellosis was more common in young children and the elderly and that HIV infection was the most common comorbidity.

Colonización por enterococo resistente a vancomicina en pacientes internados en un hospital de Lima, Perú / Colonization by Enterococcal Strains Resistant to Vancomycin in Patients from a Hospital in Lima, Peru

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia de colonización por el enterococo resistente a vancomicina (ERV), el genotipo de resistencia y los factores asociados, se realizó un estudio de tipo transversal durante noviembre y diciembre del 2013 en el Hospital Nacional Cayetano Heredia en Lima, Perú. Se encontró una frecuencia de colonización por ERV de 6,2% (IC 95%: 1,67-10,73), todas las cepas aisladas tenían el genotipo de resistencia vanA, y se halló que las variables hospitalización previa (p=0,001) y el uso de cefalosporinas de tercera generación (p=0,016) estaban asociadas a la colonización por ERV. En conclusión, existe colonización perianal por ERV en los diversos servicios de hospitalización, el gen vanA podría ser transmitido a gérmenes más virulentos y ocasionar la aparición de la bacteria Staphylococcus aureus resistente a vancomicina (VRSA). Es necesario adoptar medidas de control de infecciones para evitar la transmisión de esta bacteria en el ambiente hospitalario.

ABSTRACT This cross-sectional study was conducted from November to December of 2013 at the Cayetano Heredia National Hospital in Lima, Peru, to determine the rate of infection with vancomycin-resistant enterococcus (VRE), the resistance genotype, and associated factors. The rate of infection with VRE was 6.2% (95% confidence interval [CI]: 1.67-10.73) and the resistance genotype isolated from all strains was the vanA gene. The factors associated with colonization with VRE were previous hospitalizations (p = 0.001) and the use of third-generation cephalosporins (p = 0.016). In conclusion, perianal colonization with VRE is present in many hospital services. Moreover, the vanA gene may cause resistance to vancomycin and promote the development of vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. Therefore, infection control measures should be adopted to prevent the dissemination of this bacterial strain in hospital settings.

Caracterización epidemiológica, clínica y de laboratorio de esporotricosis en pacientes de un hospital de tercer nivel en Lima-Perú, entre los años 1991 y 2014 / Epidemiological clinical and laboratory characterization of sporotrichosis in patients of a tertiary care hospital in Lima, Peru, from 1991 to 2014

Introducción: La esporotricosis es una afección endémica en numerosos países latinoamericanos y en el resto del mundo. En Perú se concentra en regiones con clima cálido y húmedo, siendo poco conocida en el resto del país. Objetivo: Describir las características epidemiológicas, clínicas y de laboratorio de esporotricosis en pacientes de un hospital de tercer nivel en Lima-Perú, entre los años 1991 y 2014.Método: Estudio descriptivo, retrospectivo, tipo serie de casos. Resultados: Se incluyeron 94 pacientes, la mayoría de los cuales fueron adultos del sexo masculino. Los lugares de adquisición más frecuentes fueron Cajamarca, Apurímac, y Amazonas. Las formas linfo-cutánea y cutánea fija fueron observadas con mayor frecuencia en adultos y, en especial de localización en los miembros superiores. Las localizaciones en la cabeza y el cuello fueron más frecuentes en niños. Co-morbilidades estuvieron presentes en 15% de pacientes, en particular en aquellos con la forma cutánea diseminada. El 78% de los cultivos procedentes de lesiones cutáneas fueron positivos dentro de siete días, y el tiempo de positividad fue mayor en cultivos de biopsia que en las muestras por raspado-aspirado. Conclusiones: Esporotricosis fue adquirida mayoritariamente en zonas del Perú con pobreza extrema. Las características clínicas, epidemiológicas y de laboratorio no difieren de las reportadas en otros estudios. El tiempo de positividad de los cultivos varía según tipo de muestra, lo que deberá ser mejor evaluado en estudios futuros.

Background: Sporothricosis is endemic in numerous Latin American countries and the rest of the world. In Peru is concentrated in regions with warm and humid climate being little known in the rest of the country. Aim: To describe the epidemiological, clinical and laboratory characteristics of patients diagnosed of sporotrichosis in a tertiary-care level hospital in Lima, Peru from 1991 to 2014. Methods: This was a retrospective, case series. Results: Ninety four patients were involved; most of them were male adults. This condition was acquired more frequently in Cajamarca, Apurímac, and Amazonas. Fixed and lymphocutaneous form were the most frequent forms of presentation in adults and were mostly distributed in upper limbs. Lesions located in head and neck were most frequent in children. Comorbidities were present in 15% of patients and were more frequent in those who presented disseminated cutaneous form. Seventy eight percent of cultures from skin lesions were positive within 7 days. The time to positivity of cultures was longer if the sample came from skin biopsies than skin scraping or skin aspiration. Conclusions: Most cases of sporotrichosis were acquired in areas of extreme poverty in Peru. The clinical, epidemiological and laboratory findings were similar to those reported elsewhere. The time to positivity of cultures varies based on the type of skin sample. This finding needs to be further evaluated in studies with an increased number of cases.

Enterobacterias productoras de beta-lactamasas de espectro extendido: Situación en América Latina y en el Perú / Extended-spectrum beta lactamasa-producing Enterobacteriaceae: The current situation in Latin America and Peru

La enterobacterias entre ellas la E. coli y Klebsiella vienen mostrando un aumento a la resistencia contra cefalosporinas en el mundo. En el Perú existen escasos estudios sobre este problema. El presente artículo pretende realizar una revisión basada en la evidencia científica sobre este preocupante tema.

Enterobacteriaceae, particularly E. coli and Klebsiella spp. show an increasing resistance to cephalosporins all over the world. There very few studies in Peru about this situation. This paper tries to perform a scientific evidence based review about this increasingly serious problem.

Frecuencia y susceptibilidad antibiótica del Staphylococcus aureus proveniente de hisopados nasales en una población urbano marginal de Lima, Perú / The frequency and antibiotic susceptibility of Staphylococcus aureus from nasal swabs in an suburban marginal population in Lima, Peru

Objetivos. Determinar la frecuencia y los factores asociados de la colonización nasal por Staphylococcus aureus, así como el patrón de susceptibilidad antibiótica en una población urbano marginal de Lima, Perú. Materiales y métodos. Estudio transversal en personas de cualquier edad provenientes de un distrito urbano marginal de la zona norte de la ciudad de Lima. El muestreo fue por conveniencia. A cada persona se le realizó una encuesta y se le tomó una muestra de hisopado de las narinas, las que fueron procesadas para la identificación de Staphylococcus aureus y determinación del patrón de susceptibilidad mediante el método de difusión de disco de Kirby Bauer. Resultados. De los 452 participantes reclutados, entre 1 y 84 años de edad, la frecuencia de colonización nasal de Staphylococcus aureus fue de 24,6%, de los cuales solo el 0,9% fue resistente a meticilina. El único factor asociado a la colonización nasal fue la edad menor o igual a 11 años (OR: 3,80; IC95%: 1,42 - 10,16). La mayoría de cepas fue resistente a la penicilina (96,4%) pero también se presentó a la eritromicina (10,9%), clindamicina (7,3%) y gentamicina (4,5%) en menor proporción. Conclusiones. La frecuencia de colonización nasal por Staphylococcus aureus fue similar a otros estudios a nivel mundial, con predominio de cepas meticilino sensibles.

Objectives. To determine the frequency and associated factors of nasal colonization by Staphylococcus aureus and its antibiotic susceptibility pattern in a marginal suburban population Lima, Peru. Materials and methods. A cross-sectional study was conducted among population of all ages from a marginal suburban district in northern Lima. The study used a convenience sample. Each person was surveyed and provided a swab sample of the nostrils. The swab samples were analyzed to identify Staphylococcus aureus, determining the susceptibility pattern by the Kirby Bauer disk diffusion method. Results. From the 452 participants recruited, ages between 1 and 84 years, the frequency of Staphylococcus aureus nasal colonization was 24.6%, with 0.9% of them resistant to methicillin. The only factor associated with nasal colonization was age equal or less than 11 years (OR: 3.80, 95% CI 1.42 to 10.16). Most strains were resistant to penicillin (96.4%) but also to erythromycin (10.9%), clindamycin (7.3%) and gentamicin (4.5%). Conclusions. The frequency of Staphylococcus aureus nasal colonization was similar to other studies worldwide, with predominance of methicillin-sensitive strains.

Sthaphylococcus aureus meticilino resistente adquirido en la comunidad: [revisión] / Community-acquired methicillin-resistant Sthaphylococcus aureus infection: [review]

La infección por Staphylococcus aureus meticilino resistente adquirido en la comunidad es una entidad emergente en el mundo. Se manifiesta principalmente como infecciones de piel partes blandas; como por ejemplo, celulitis y abscesos. La mayoría son infecciones superficiales, aunque algunos casos pueden tener un curso severo causando sepsis severa, fascitis necrotizante, neumonía y eventualmente la muerte.

Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus infection is emerging worldwide. Skin and soft tissue infections are the common clinical presentations (eg, cellulitis, and abscess). Most infections are superficial but severe cases may develop causing severe sepsis, necrotizing fasciitis, pneumonia and death.

Parasitosis intestinal en el paciente con infección VIH-SIDA / Intestinal diseases parasitic in patients with HIV-AIDS

Introducción: La diarrea es una complicación común y una de las principales causas de malabsorción y desnutrición entre los paciente con SIDA. Nuestro objetivo es determinar las causas parasitarias de diarrea en pacientes con VIH-SIDA del Hospital Nacional Cayetano Heredia (Lima, Perú). MÉTODOS: Fueron incluidos 217 pacientes con VIH-SIDA que reportaron diarrea entre Mayo-2002 y Septiembre-2005. Fueron analizadas 1-3 muestras de heces mediante seis métodos para la detección de ooquistes, quistes, huevos y larvas de parásitos. RESULTADOS: La edad promedio fue 34.5 años (rango 15-68 años), 75.12 por ciento eran hombres. De ellos, 149/217 (68.66 por ciento) presentaron diarrea durante dos o más semanas. Se detectaron 123 parásitos en 103/217 pacientes (47.5 por ciento), presentando 18 de ellos(8.3 por ciento) infecciones parasitarias mixtas. Cryptosporidium spp. fue detectado con más frecuencia, sin embargo fue más prevalente en el grupo que presentaba dos o más semanas de diarrea, siendo esta diferencia estadísticamente significativa (22.82 por ciento vs. 10.29 por ciento, p=0.029). Otras parasitosis frecuentes fueron isosporidiasis (10.6 por ciento), giardiasis (8.3 por ciento) y strongyloidiasis (6.9 por ciento. CONCLUSIÓN: La enteroparasitosis es una condición frecuente entre los pacientes con VIH SIDA que acuden al Hospital Nacional Cayetano Heredia, siendo frecuente la presencia de agentes oportunistas (Cryptosporidium spp. e Isospora belli) y no oportunistas (Giardia lamblia y Strongyloides stercoralis).

Introduction: Diarrhea,a common complication and one of the most important causes of malabsorption and malnutrition in AIDS patients. Our objective was to determine the parasitic causes of diarrhea in patients with HIV-AIDSat the Cayetano Heredia National Hospital (Lima, Perú). METHODS:We included 217 HIV-AIDS patients who reported diarrhea between May 2002 and September 2005. We analyzed 1-3 stool samples per patient using six methods to detect oocysts, cysts, eggs and larvae of parasites. RESULTS: The average patients' age was 34.5 years (range 15-68); 75.12 percent were males. Patients with diarrhea during two weeks or more were149/217(68.66 percent).A total of 123 parasites were detected in 103/217 patients (47.5 percent) 18/217 (8.3 percent) had mixed parasitic infections. Cryptosporidium spp. was the most frequent parasite detected. It was more prevalent in the group of patients who had diarrhea for two or more weeksthan those who had diarrhea for less than two weeks (22.82 percent vs. 10.29 percent, p=0.029). Other frequent parasitosis cases were isosporidiasis (10.6 percent), giardiasis (8.3 percent) and strongyloidiasis (6.9 percent). CONCLUSION:Intestinal parasitosis is frequent in HIV-AIDS patients at the Cayetano Heredia National Hospital. The most common opportunistic pathogens were Criptosporidium spp. and Isospora belli and the most frequent non-opportunisticpathogens were Giardia lamblia and Strongyloidiasis stercoralis.

Efficacy of sulfadoxine-pyrimethamine and mefloquine for the treatment of uncomplicated Plasmodium falciparum malaria in the Amazon basin of Peru

Testes in vivo foram realizados para avaliar resistência a drogas antimalária, em pessoas com malária não complicada, causada por Plasmodium falciparum, numa região isolada da Bacia Amazônica, na fronteira com o Brasil e a Colômbia. Os testes mostraram resistência >50 por cento RII/RIII a sulfadoxina-pirimetamina, mas não evidenciaram resistência a mefloquina.